Kết luận thanh tra nêu, Ban quản lý đường sắt đô thị Hà Nội chưa có nhân sự nắm chuyên môn ở tầm quốc tế, đủ năng lực trong việc xem xét và phê duyệt, thường xuyên phải tham khảo, lấy ý kiến các cấp, ngành, thậm chí phải thuê các đơn vị nước ngoài thẩm định trước khi ký duyệt.

Đối với tư vấn Systra, đây là lần đầu tiên làm dự án tuyến tàu điện ngầm ở Việt Nam nên còn nhiều lúng túng, chưa hiểu hết các quy định của luật pháp sở tại, dẫn đến mất nhiều thời gian để hai bên đi đến thống nhất cho từng nội dung, từng hạng mục.

Về việc thực hiện gói thầu rà phá bom mìn, vật liệu nổ đoạn cầu cạn và nhà ga, do nhà thầu Tổng công ty xây dựng Lũng Lô thực hiện, kết luận thanh tra cho hay chủ đầu tư đã thiếu chặt chẽ trong việc giám sát, nghiệm thu, hồ sơ hoàn công không đảm bảo chất lượng, không phù hợp và không tuân thủ phương án kỹ thuật thi công được duyệt.

Thanh tra Chính phủ đề nghị UBND TP Hà Nội có trách nhiệm tổ chức kiểm điểm, chỉ đạo Ban quản lý Đường sắt đô thị Hà Nội và các sở ngành kiểm điểm trách nhiệm tập thể, cá nhân qua các thời kỳ có liên quan đến các vi phạm được nêu tại kết luận thanh tra.