Tất cả các hạng mục tuyến, Depot và các ga đều đã được phê duyệt quy hoạch tổng mặt bằng. Nhưng chỉ riêng mặt bằng ga ngầm C9 đặt tại khu vực Hồ Hoàn Kiếm hiện vẫn chưa được thông qua. Lý do là bời vị trí ga C9 theo thiết kế ban đầu được đặt ngầm ngay sát khu vực Hồ Gươm và Tháp Bút, nguy cơ ảnh hưởng đến các di tích lịch sử. Đây là nội dung đã được đưa ra tranh cãi trong nhiều năm qua thế nhưng vẫn chưa thể đi đến thống nhất.

Hiện thành phố Hà Nội vẫn đang lưỡng lự trước 3 phương án. Một là đưa ga C9 ra khỏi khu vực bảo vệ di tịch, vị trí ga sẽ là khu vực đối diện điện lực Hà Nội. Hai là đưa ra ngoài vùng bảo vệ thứ 2 của di tích, tức là đối diện với vườn hoa Lý Thái Tổ. Và phương án ba là giữ nguyên hướng tuyến và không xây dựng ga C9, nhiều ý kiến cho rằng phương án này sẽ giảm sức hút đối với khách du lịch xung quanh Hồ Gươm.

Các chuyên gia cũng cân nhắc, chúng ta cần nhìn nhận lại hướng của tuyến này, bởi thiết kế của tuyến này đã quá cũ so với bối cảnh hiện tại. Và mục tiêu, tôn chỉ của những tuyến đường sắt đô thị là phương tiện chuyên chở khối lượng lớn, kết nối các khu vực đông dân cư. Mật đô dân cư của Hà Nội hiện đã thay đổi rất nhiều so với 17 năm trước đây, với những khu đô thị, chung cư nén mật độ dân số rất cao ở các khu vực vốn trước đây là ngoại vi thành phố.