Tại phiên thảo luận, nội dung quy định về tự chủ đại học trong dự án luật được nhiều đại biểu đánh giá là điểm mở, tạo cơ hội cho các trường bứt phá, nâng cao cơ sở vật chất cho giảng dạy, nghiên cứu. Tuy nhiên một số ý kiến đại biểu cho rằng, để việc tự chủ đạt hiệu quả cao thì cần phải giải quyết những bất cập, vướng mắc về tổ chức bộ máy của các trường đại học.

Liên quan đến việc xếp hạng cơ sở giáo dục đại học, ngành đào tạo được quy định tại điều 9 dự án Luật, Đại Biểu Lê Quang Trí đoàn Tiền Giang đề nghị ban soạn thảo bổ sung 1 khoản trong điều luật về nội dung này.

 Cũng tại phiên thảo luận, ngoài nội dụng tự chủ đại học, các vấn đề liên quan như chức năng, nhiệm vụ của Hội đồng trường ở các cơ sở giáo dục đại học, cơ cấu tổ chức của các trường đại học, các vấn đề liên quan đến hệ thống giáo dục đại học tư thục cũng được nhiều đại biểu quan tâm cho ý kiến.