Tòa đã tuyên án phạt 4 bị cáo là cán bộ lãnh đạo của Bệnh viện Bạch Mai gồm: Nguyễn Quốc Anh (nguyên Giám đốc Bệnh viện Bạch Mai) 5 năm tù, Nguyễn Ngọc Hiền (nguyên Phó Giám đốc) 3 năm 6 tháng tù, Trịnh Thị Thuận (Kế toán trưởng, Trưởng phòng Tài chính kế toán) 3 năm tù treo, Lý Thị Ngọc Thủy (Phó Trưởng phòng Tài chính kế toán) 2 năm tù treo.

4 bị cáo còn lại gồm: Phạm Đức Tuấn (cổ đông sáng lập, nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị, Giám đốc Công ty Công nghệ y tế BMS - Công ty BMS) bị Tòa tuyên phạt 3 năm tù treo, Ngô Thị Thu Huyền (nguyên Phó Giám đốc Công ty BMS) 2 năm 6 tháng tù treo, Trần Lê Hoàng (nguyên thẩm định viên Công ty cổ phần Thẩm định giá và Dịch vụ tài chính Hà Nội - VFS) 2 năm tù và Phan Minh Dung (nguyên Tổng Giám đốc Công ty VFS) 20 tháng tù.

Ngoài án phạt tù, Tòa còn áp dụng hình phạt bổ sung đối với bị cáo Tuấn với mức  100 triệu đồng. Các bị cáo còn lại không áp dụng hình phạt bổ sung. Số tiền các bị cáo nhận từ bị cáo Tuấn, Tòa xác định là khoản tiền hưởng lợi bất chính, nên quyết định sung công quỹ Nhà nước.