Tất cả các bị cáo đều bị Viện Kiểm sát Nhân dân tối cao truy tố về tội “Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng”. Theo cáo trạng kết luận, VEC, Ban Quản lý dự án đường cao tốc Đà Nẵng-Quảng Ngãi và các đơn vị liên quan không có phương án, biện pháp chỉ đạo cụ thể để rà soát, kiểm tra, loại bỏ vật liệu không đảm bảo chất lượng, dẫn đến cả 7 gói thầu đều sử dụng đá tại các mỏ này làm vật liệu sản xuất các lớp cấp phối đá dăm và bêtông nhựa các loại. Mặc dù các hạng mục công trình xây dựng không đảm bảo chất lượng nhưng chủ đầu tư và các đơn vị liên quan đã nghiệm thu, thanh toán hơn 811 tỷ đồng cho các đơn vị thi công dự án.