Những thanh gỗ lớn đang được sử dụng để chống đỡ cho kết cấu gầm sàn phía trên Chùa Cầu. Theo khảo sát của cơ quan chuyên môn, phần bên dưới móng xuất hiện nhiều vết rỗng, một số vị trí khác không còn khả năng chịu lực, phần kết cấu về phương ngang, phương xiên của di tích đang dần bị biến đổi, có điểm lệch đến 20cm. Mặc dù đã trải qua 7 lần trùng tu nhưng hiện nay, sự xuống cấp của di tích Chùa Cầu vẫn đang ở mức đáng báo động.

Với số lượng khách tham quan ngày một tăng, khoảng hơn 1.000 lượt mỗi ngày, đã tạo áp lực không nhỉ lên hệ thống kiến trúc của di tích này. Không chỉ là điểm đến hấp dẫn du khách thập phương, di tích chùa Cầu còn mang ý nghĩa về văn hóa, lịch sử, ngoại giao, là công trình tín ngưỡng, nơi gửi gắm tâm tư, tình cảm của người dân phố Hội. Chứng kiến di tích đang từng ngày bị hư hại, nhiều người dân đã không khỏi lo lắng.

Trùng tu, bảo vệ di tích chùa Cầu là công việc cấp bách. Tuy nhiên, trùng tu bằng phương án nào để bảo tồn tối đa nguồn gốc, tính chân xác là vấn đề mà hiện đang vướng phải hai luồng ý kiến trái chiều. Mặc dù đã qua nhiều lần hội thảo lấy ý kiến chuyên gia trong và ngoài nước, thế nhưng, phương án được tính đến là hạ giải toàn bộ công trình hay hạ giải từng phần vẫn chưa được quyết định.

Hiện nay, để giảm tải áp lực, UBND TP Hội An đã có văn bản điều tiết số lượng khách tham quan tại di tích với quy định 20 lượt người/1 đợt tham quan. Đồng thời chống đỡ tạm tại các vị trí xuống cấp trong khi chờ đợi giải pháp tối ưu nhất.