Theo Thanh tra Chính phủ, Vinashin đã nhận hơn 2.200 tỷ đồng tạm ứng từ PVN nhưng không mở tài khoản để theo dõi đặc biệt mà sử dụng tài khoản chung mở tại Ngân hàng Oceanbank (theo dõi chung cho tất cả các nguồn thu khác).

Trên sổ sách kế toán tại Vinashin cũng không theo dõi riêng, cụ thể việc thu, chi theo hướng dẫn của Bộ Tài chính, gây khó khăn cho việc kiểm tra, giám sát nguồn tiền này. Điển hình là việc Vinashin đã sử dụng 166,22 tỷ đồng từ nguồn 2.200 để chi hỗ trợ các đơn vị thi công hoàn thiện 19 tàu dự kiến bàn giao năm 2011, trong khi đã đề nghị, phê duyệt sử dụng nguồn 4.190 tỷ đồng, cho thấy việc theo dõi, sử dụng các nguồn tiền của Vinashin không chính xác.

Liên quan tới vụ việc, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Công an xác minh, điều tra xử lý theo quy định về các dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự đối với 2 vụ việc.

Thứ  nhất, về lập, sử dụng các chứng từ, tài liệu để rút tiền từ nguồn vốn 4.190 tỷ đồng gửi có kỳ hạn tại ngân hàng khi chưa được Thủ tướng cho phép, có dấu hiệu cố ý làm trái, vi phạm nguyên tắc bảo toàn vốn, nguy cơ thiệt hại 1.050,4 tỷ đồng gửi tại OceanBank.

Thứ hai, việc hỗ trợ hoàn thiện Tàu 700TEU NT29 tại Tổng Công ty Công nghiệp tàu thủy Nam Triệu, lỗ hơn 450 tỷ đồng, thiệt hại số tiền đã hỗ trợ hơn 150 tỷ đồng.