Hành vi của ông Hà được xác định xảy ra trong quá trình thực hiện Dự án nhà máy nhiên liệu sinh học Phú Thọ (Ethanol Phú Thọ). Dự án khởi công từ tháng 6/2009, trên diện tích 50 hecta, với vốn đầu tư ban đầu khoảng 1.700 tỉ đồng, sau điều chỉnh lên hơn 2.400 tỉ đồng.
Kết quả điều tra xác định trong hồ sơ chỉ định thầu, chủ đầu tư không yêu cầu về kinh nghiệm, năng lực của nhà thầu. Ông Hà đã ký quyết định phê duyệt kết quả chỉ định gói thầu TK 05 thuộc dự án Ethanol Phú Thọ mà không tổ chức thẩm định theo quy định.
Bị can này còn ký quyết định phê duyệt kết quả chỉ định thực hiện gói thầu KPC cho Liên doanh PVC - Alfa Laval khi chưa có chủ trương đồng ý của Hội đồng quản trị (HĐQT), không được HĐQT ủy quyền.
Tính đến tháng 10/2014, PVB còn thanh toán cho Liên doanh PVC - Alfa Laval hơn 1,5 tỉ đồng dù chưa có hạng mục nào hoàn thành, bàn giao cho chủ đầu tư.
Tính đến tháng 4/2018, PVB đã chi cho dự án số tiền vay từ ngân hàng là 772 tỉ đồng, thiệt hại tính bằng lãi suất là hơn 600 tỉ đồng.