Nhiều ý kiến đề nghị, dự thảo Luật cần làm rõ hơn một số quy định, không nên để những quy định chung chung, đồng thời nên quy định cụ thể hơn trong một số quy định về trách nhiệm, chức năng, tránh sự chồng chéo trong quản lý Nhà nước và thiếu thống nhất với các Luật khác.

Trình bày Tờ trình tại phiên thảo luận, Tổng kiểm toán Nhà nước Hồ Đức Phớc cho biết, dự thảo Luật đề xuất một điểm mới so với Luật hiện hành, đó chính là việc bổ sung quyền kiến nghị, khiếu nại đối với báo cáo kiểm toán cho các cơ quan tổ chức, đơn vị có liên quan đến việc sử dụng, quản lý tài chính công, tài sản công.

Đề xuất được nhiều đại biểu tán thành, tuy nhiên, về tổng thể dự thảo Luật, nhiều ý kiến đề nghị, cần cân nhắc, rà soát để đảm bảo tính thống nhất với các luật khác có liên quan, đặc biệt, với đề xuất trao  quyền giám định tư pháp cho Kiểm toán Nhà nước như quy định trong dự thảo, nhiều đại biểu cho rằng điều này là không cần thiết.

Ông Nguyễn Đức Hải, Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính – Ngân sách của Quốc hội cho biết: "Qua thẩm tra sơ bộ, với 18 nội dung sửa đổi, bổ sung, Thường trực Ủy ban Tài chính – ngân sách chỉ đồng tình với 5 nội dung, 11 nội dung là các vấn đề lớn thì đa số ý kiến chưa đồng tình vì không thực sự cần thiết."

Bên cạnh đó, nhiều ý kiến cũng đề nghị, cơ quan soạn thảo cần nghiên cứu bổ sung, tổng kết thực tiễn 3 năm thi hành Luật kiểm toán, cùng với đó, rà soát lại các quy định trong dự thảo để đảm bảo tính thống nhất với hệ thống pháp luật hiện hành.